در فیلم "مغزهای کوچک پرنده کرده"، یک گروه از متخصصان فضایی که از جمله طیور کوچک تشکیل شده اند، به یک معمای پیچیده برمی‌خورند. آنها پس از تحقیقات بیشتر متوجه می‌شوند که دشمن آنها نه تنها انسان‌ها نیست بلکه یک گروه شکور است که سرنوشت سیاره را در دست دارد. این درگیری باعث می‌شود که اعضای گروه باید با همکاری و هوش برای نجات جهان خود تلاش کنند و رازهای پنهان را فاش کنند.