فصل اول مربوط به نجات لینکلن باروز از زندان است. وی به اتهام قتل برادر معاون رئیس جمهور ترنس استیدمن به مرگ محکوم شده، در حالی که او واقعاً این کار را انجام نداده‌است. او در زندان ایالتی فاکس ریور، منتظر فرارسیدن روز اجرای حکمش است. برادر او مایکل اسکافیلد که یک نابغه و مهندس سازه است، نقشه‌ای برای فرار لینکلن طراحی میکند. مایکل دست به یک جرم می‌زند تا به زندان فاکس ریور برود. در زندان او برای راه پیدا کردن به درمانگاه، ادعا میکند که دیابت نوع یک دارد و با دکتر سارا تانکردی آشنا می‌شود. هم‌زمان وکیل و معشوقهٔ سابق لینکلن، یعنی ورونیکا داناوان که یک وکیل است، دوباره تحقیقاتش را شروع میکند تا بی‌گناهی لینکلن را اثبات کند. مشخص می‌شود که سازمان برای لینکلن پاپوش درست کرده‌است. پدر لینکلن و مایکل سال‌ها پیش برای سازمان کار می‌کرده و بعد از خروجش از سازمان علیه آن‌ها کار میکند. به همین دلیل سازمان برای انتقام، این کار را کرده است. مایکل و لینکلن به همراه شش زندانی دیگر، فرناندو سوکره، تئودور بگول، بنجامین مایلس فرانکلین، جان آبروزی، توئینر و هیوایر در قسمت آخر این فصل، از زندان می‌گریزند.
medal-512افتخارات: موسیقی این سریال را رامین جوادی ساخت و در سال ۲۰۰۶، نامزد دریافت جایزه امی بهترین موسیقی متن شد.
به دنبال موفقیت ۱۳ قسمت اول این سریال، فرار از زندان در سال ۲۰۰۵، نامزد دریافت جایزه بهترین سریال درام جوایز برگزیده مردم شد و در ژانویه ۲۰۰۶ آن را برد. در شصت و سومین دورهٔ جوایز گلدن گلوب در سال ۲۰۰۶، ونتورث میلر نامزد دریافت جایزه بهترین بازیگر سریال درام مرد و این سریال نامزد دریافت جایزه بهترین سریال درام شد. در سال ۲۰۰۵ هم ونتورث میلر نامزد دریافت جایزه ساترن بهترین بازیگ