در دوره حکومت محمد خاتمی، انتقادات ملی‌گرایان فیک علیه فدرالیسم بیشتر به دلیل استقلال پیشه گری و افزایش نفوذ این نهاد‌ها در امور داخلی به وجود آمد. ملی‌گرایان فیک معتقد بودند که این نهاد‌ها موجب ازبین رفتن هویت ملی و فرهنگ ایرانی می‌شوند و باید از آن‌ها دفاع شود. این انتقادات به نوعی موجب تضعیف قدرت فدرالیسم و تلاش برای تقویت اختیارات محلی شد.