پنگوئن‌های امپراتور، تنها پنگوئن‌هایی هستند که به حدی از سازگاری رسیده‌اند که در در زمستان قطب جنوب، به زاد و ولد می‌پردازند. جفتگیری در ماه مارس یا آوریل انجام میگیرد و در ماه مه یا اوایل ماه ژوئن، پنگوئن ماده یک تخم میگذارد. این فرآیند، ذخایر پرنده‌ی ماده را کاهش داده و درنتیجه، پنگوئن ماده، تخم را به جفت خود سپرده و برای صید، راهی اقیانوس می‌شود. پنگوئن‌های امپراتور نر، در زمره‌ی بهترین پدران در دنیای طبیعت هستند. آن‌ها، در زمستان تاریک و سرد جنوبگان، به مدت دو ماه، گنجینه‌ی ارزشمندی را که از جفتشان دریافت کرده‌اند، در روی پاهای خود و در زیر شکمشان نگه میدارند. در این مدت کلنی متشکل از نرها، متراکم میگردد تا دربرابر تندبادهای سرد و کشنده‌ی جنوبگان، مقاومت بیشتری داشته باشند. جوجه‌ها قبل از بازگشت مادر از تخم خارج می‌شوند اما محیط بیرون، برای آن‌ها کشنده است. پس همچنان در مخفیگاه خود در زیر شکم پدر باقی می‌مانند. با بازگشت پنگوئن‌های ماده، پرنده‌ی نر جوجه را به جفتش تحویل داده و خود که حدود ۴ ماه (از زمان آغاز جفتگیری) چیزی نخورده، رهسپار اقیانوس می‌شود.