جمهوری آذربایجان مخالف سیاست کلی ایران در منطقه قفقاز است؛ و آن هم سیاستی است که اتحاد را در مقابل تجزیه قرار می‌دهد.ایران همانند عراق، یمن، افغانستان و مخالف هرگونه تغییر در مرزهای کشورهای همسایه از جمله ارمنستان و جمهوری آذربایجان است. ایران همچنین مخالف اجرای پروژه‌های ارتباطی مثل کریدور زنگزور است که منافع اقتصادی ایران را به خطر می‌اندازد. بازداشت رانندگان کامیون‌های ایرانی در جاده ارمنستان نیز گروکشی ترکیه و جمهوری آذربایجان در قبال همین کریدور است.علاوه بر اینها گفته می‌شود جمهوری آذربایجان با همکاری ترکیه قصد حمله غافلگیرانه به استان سیونیک در جنوب ارمنستان را داشته‌اند که سیاست اتحادطلبانه ایران این نقشه را خنثی کرده و رزمایش فاتحان خیبر نیز در راستای رجزخوانی همین سیاست است.