واکسن‌ها می‌توانند در پیشگیری از ابتلا به زگیل تناسلی موثر باشند، اما تاکنون هیچ واکسنی برای درمان زگیل تناسلی تایید نشده است. از طرفی، واکسن‌هایی در حال توسعه می‌باشند که می‌توانند درمان زگیل تناسلی را ممکن کنند. اما این واکسن‌ها هنوز در مراحل آزمایشی قرار دارند و نیاز به تحقیقات بیشتری دارند تا بتوانند به طور رسمی برای درمان زگیل تناسلی تایید شوند.