در فیلم "ماموریت محرمانه جویندگان انتقام 3"، تیم جویندگان انتقام به مأموریتی خطرناک و محرمانه برای نجات دنیا می‌رود. آن‌ها باید با دشمنان قدرتمند و خطرناک مبارزه کرده و جلوی یک تهدید جدید برای انسانیت را بگیرند. این بار، تیم جویندگان انتقام با موانع جدید و مشکلاتی روبه‌رو می‌شوند که آن‌ها را به حداکثر تلاش و استراتژی مجبور میکند تا این مأموریت را به پایان برسانند.