داستانی درباره ۴ لاک پشت جهش یافته انسان گون (به نامهای میکل آنجلو ،لئوناردو ، دوناتلو و رافائلو) است که نینجوتسو را از یک موش (استاد اسپلینتر) که مانند خودشان جهش یافته و انسان گون است می آموزند. آنها در فاضلاب نیویورک زندگی می کنند و به مبارزه دشمنان خود می رو...