فیلم در دوران ماقبل تاریخ شروع می شود جائیکه با ظهور بلوکه ای عظیم میمون‌ها وحشتزده به این‌سو و آن‌سو می روند. سپس به عصر مدرن می رویم جائیکه بلوکه ای دیگر روی ماه کشف شده است که امواجی را مداوما به مشتری می فرستد. دکتر دیوید بومن، فرانک پولی، سه دانشمند منجمد شده و هال 9000 کامپیوتری، که مغز سفینه است به مشتری فرستاده شده اند تا گیرنده امواج را شناسایی کنند. اما این ماموریت با خطر مواجه شده است