تغییر شکل پوکه‌مون‌های نینجا یکی از ویژگی‌های برجسته و جذاب این موجودات فانتزی است. وقتی پوکه‌مون‌های نینجا تغییر شکل می‌دهند، می‌توانند به شکل‌ها و اشکال مختلفی تبدیل شوند و از این ویژگی برای مبارزه و پیروزی در مسابقات استفاده کنند. این قابلیت تغییر شکل باعث افزایش تنوع و جذابیت بازی می‌شود و بازیکنان را به خود جذب میکند.