در فصل 44 سریال یوسف پیامبر، داستان به توجه به خلافت یعقوب بر فرزندان خود و جستجوی یوسف برای حقیقت درباره اتفاقات گذشته تمرکز دارد. همچنین در این فصل، روابط بین شخصیت های مختلف به چالش کشیده می شود و رویدادهای جدید و پرمعنی برای داستان اتفاق می افتد.