مجموعه پایتخت ۶ داستان دو خواهر به نام هما و طاهره را روایت میکند که در پی جدایی پدر خود از خانواده‌شان، برای پیدا کردن او و حل معمای پنهان ماندن او، به تلاش می‌پردازند. هما به عنوان یک کارآگاه خصوصی و طاهره به عنوان یک کارمند در یک شرکت فعالیت میکند. آن‌ها با مواجهه با مشکلات و موانع مختلف، ماجراجویی‌های جالبی را تجربه می‌کنند و در این راه، روابط خانوادگی و دوستی آن‌ها به چالش کشیده می‌شود.