در قسمت سوم سریال پایتخت 6، تغییرات مهمی در داستان و شخصیت‌ها رخ می‌دهد. این قسمت با ناپدید شدن یکی از شخصیت‌های مهم و حل معماهای جدیدی که برای شناسایی عامل جنایت انجام می‌شود، پر از ناگهانی‌های هیجان‌انگیز است. عشق و روابط خانوادگی نیز این قسمت را تحت تاثیر قرار داده و به تعاملات بین شخصیت‌های مختلف برای حفظ و ایجاد روابط نزدیک توجه میکند.