چالش‌های مالیاتی در سازمان‌ها اصولا شامل پیچیدگی قوانین مالیاتی، نوسانات در سیاست‌های مالیاتی، تغییرات در قوانین مالیاتی، مشکلات در تعیین مالیات، شفافیت نادرست امور مالیاتی و نقشه‌برداری مالیاتی نادرست است. این چالش‌ها می‌توانند منجر به اختلافات با ادارات مالیاتی، جریمه‌های مالیاتی، افزایش هزینه‌های سازمان و افت اعتبار سازمان شوند. بنابراین، مدیران مالی و حسابداران باید با دقت به این چالش‌ها توجه کنند و راهکارهای مناسبی را برای حل و فصل آن‌ها پیشنهاد دهند.