درمان کیست تخمدان به وسیله جراحی به طور معمول انجام می‌شود اما روش‌های دیگری نیز برای درمان این بیماری وجود دارند. یکی از روش‌های جدید و موثر برای درمان کیست تخمدان، لاپاروسکوپی است که به کمک دستگاهی کوچک و منعطف به نام لاپاروسکوپ، کیست‌های تخمدان به صورت غیر جراحی تخلیه می‌شوند. این روش کمتر از جراحی سنتی درد زا و بازگشت کیست‌ها به نقطه اول است. این روش از بیماری‌های خطرناکی همچون انتقال عفونت به نقاط دیگر از جسم جلوگیری میکند.