مهاجرت او به قم سبب شروع فصل جدیدی از حیات مبارکش شد؛ فصلی که سراسر خدمت و برکت برای حوزه های علمیه بود خدماتی همچون اصلاحات ساختاری در حوزه علمیه، تلاش برای برقراری وحدت با برادران اهل سنت، اعزام نماینده و مبلغ دینی به اروپا و آمریکا، ساخت کتابخانه ها، مساجد، بیمارستان ها و مدارس علمیه متعدد در جهت خدمت رسانی به مردم و همچنین تالیف حدود ٣٠ اثر پژوهشی از جمله جامع احادیث شیعه بود.
از جمله نکات مهم حیات مبارک مرحوم آیت الله العظمی برجردی، سیره هوشمندانه او برای ورود به مسائل سیاسی بود؛ به گونه ای که هم نفود سیاسی خود را ازدست نداد و هم بهانه ای به دشمن برای ضربه زدن به حوزه علمیه قم و مکتب تشیّع نمی داد.