از نظر سازمان مالیاتی، تمامی صاحبان مشاغل از جمله پزشکان که به فعالیتی اشتغال دارند طبق آیین نامه اجرایی ماده 95 قانون مالیات‌های مستقیم به سه گروه اول، دوم و سوم مالیاتی تقسیم بندی می‌شوند که هرکدام تکالیف مالیاتی متفاوتی دارند.
بیش از 80 درصد جامعه پزشکی در گروه سوم مالیاتی طبقه بندی می شوند و بیش از 15 درصد از 20 درصد باقی مانده در گروه دوم و کمتر از 5 درصد از جامعه پزشکی مشمول تکالیف گروه اول مالیاتی هستند.
تشریح جزيیات پرداخت مالیات پزشکان در گفت و گو با دکتر آرش انیسیان مدیرکل برنامه ریزی اقتصاد سلامت سازمان نظام پزشکی:
بیش از 350 هزار نفر عضو سازمان نظام پزشکی هستند و بیش از 100 هزار نفر از بین اعضای جامعه پزشکی در قالب پروانه مطب و موسسات و امثالهم فعالیت مستقل شخصی دارند. سازمان امور مالیاتی از بین اینها کمتر از 750 نفر را رسما به عنوان فرارمالیاتی اعلام کرده است (از نظر ما این عدد هم قطعی نیست). این عدد در یک جامعه 350 هزار نفری تقریبا چیزی نزدیک به صفر است.
متاسفانه میزان آگاهی از فرایند مستندسازی و پرداخت مالیات در بین جامعه پزشکی بالا نیست. برخی از افراد سودجو در قالب مشاور مالیاتی اطلاعات اشتباه به همکاران ما می دهند. همه اینها باعث می شود اعضای سازمان نظام پزشکی دچار مشکلات و چالش های جدی در بحث مالیات شوند.