هورمون‌ها نقش مهمی در تنظیم فعالیت سلول‌ها و اعضاء بدن دارند. اختلال در تعادل هورمونی می‌تواند عوارض جانبی متنوعی از جمله میگرن ایجاد کند. تحولات هورمونی در زنان، به ویژه در دوران قاعدگی و بارداری، می‌تواند حملات میگرن را تشدید کند. این اختلال می‌تواند منجر به تغییرات در سطح سراتونین، استروژن و پروژسترون گردد که تأثیر مستقیمی بر فعالیت مغز و سیستم عصبی دارند و موجب ایجاد حملات میگرن متنوع می‌شوند. بنابراین، حفظ تعادل هورمونی از اهمیت بسزایی برای کنترل حملات میگرن است.