ایدئولوژی شیعی توسط استاد خانجانی در دوره اول آموزشی‌اش مطرح شده است. او بر ضرورت توجه به معانی عمق‌دار قرآن و عترت پیامبر اسلام و اهل‌بیت آن تأکید دارد. استاد خانجانی بر اهمیت تفسیر قرآن و دستاوردهای اندیشه‌های شیعیان در تفسیر آن تاکید دارد. او با شیعیان همراه شده و آن‌ها را در این مسیر راهنمایی میکند.