تشخیص زعفران اورگانیک معمولا از راه‌های شیمیایی و فیزیکی صورت می‌گیرد. این شامل آزمون‌هایی مانند تست نگین برای تشخیص رنگ‌های مصنوعی و استفاده از ابزارهای تجهیزات دقیق برای تشخیص مواد خوراکی شیمیایی است. علاوه بعنوانه، بررسی خصوصیات بیولوژیکی نمونه‌های زعفران مانند DNA و...