داستان این سریال در مورد پسری به نام ناروتو است که دارای نینجا است. او به دنبال تحقق رؤیای خود که میخواهد هوکاج را تبدیل به نینجایی که همه او را احترام می گذارند. در این راه برخی از دوستان او را همراهی میکنند و او به ماجراجویی های مختلفی در دنیای نینجا های کلاسیک می رود.