آلودگی رودخانه کرج به دلیل بی‌توجهی به محیط زیست و عدم رعایت مقررات محیطی اتفاق می‌افتد. ورود فاضلاب هاویژه شهری، پساب‌های صنعتی و کشاورزی به رودخانه می‌تواند باعث آلودگی آن شود. همچنین پرورش دهنده توان تلف شیمیایی و ورود مواد شیمیایی به رودخانه نیز می‌تواند از دیگر عوامل آلودگی باشد. برای پیشگیری از این مشکلات، اقدامات لازمی مانند تصفیه فاضلاب و نظارت بر استفاده از مواد شیمیایی باید انجام شود.