روش تهیه نکتارآبمیوه طبیعی این است که ابتدا میوه‌های مورد نظر را شسته و پوست و هسته آن‌ها را جدا کرده، سپس آن‌ها را در مخلوط‌کن یا گوشت‌کوب پوره کرده و سپس آب میوه را از پوست و هسته جدا می‌کنیم. نکتارآبمیوه بهتر است بلافاصله بعد از تهیه مصرف شود تا از افت رنگ و طعم میوه جلوگیری شود و همچنین بهتر است بدون شیره، شکر یا افزودنی‌های دیگر تهیه شود تا از مواد اضافی مضر خودداری شود.