مدارس دخترانه در ایران با مشکلات و نواقصی مواجه هستند، از جمله عدم تجهیز کافی تأسیسات و تجهیزات آموزشی، کاهش بودجه‌ی تخصیص داده شده به آن‌ها، نبود تورفتگی و شرایط تنگ در کلاس‌ها، کمبود معلم‌های کارآمد و بروز مشکلات امنیتی. این موارد ممکن است باعث کاهش کیفیت و اثربخشی آموزش در مدارس دخترانه شود.