کار بازرسان بهداشتی در ایران با چالش‌هایی از جمله کمبود منابع و تجهیزات کافی، فشار زمانی بالا، مقابله با فساد و فرار مالیاتی، نبود استانداردهای مشخص و تنوع گسترده در موارد تخلف روبرو هستند. علاوه بر این، عدم هماهنگی بین نهادهای مختلف نظارتی و نبود پشتیبانی و حمایت قوی از بازرسان نیز از دیگر چالش‌های این حوزه می‌باشد.