اخیرا یک جوان به نام محمد حسین یوسفی اعتراض کرده و اظهار داشته که سانسور در برنامه خندوانه به شدت افزایش یافته است و برنامه هر روز کمتر و کمتر جذاب می‌شود. او این اقدام را نقض حقوق شهروندی و آزادی بیان می‌داند و از مدیران شبکه تلویزیونی خواسته است که این موضوع را جدی بگیرند و به آن رسیدگی کنند.