سریال معصومه فرار کرد داستانی از یک زن جوان به نام معصومه است که به اتهام جرمی که ارتکاب نکرده، مورد تبعید و زندان قرار می‌گیرد. در پی این اتهام ناعادلانه، معصومه تصمیم می‌گیرد از زندان فرار کند و به دنبال راهی برای اثبات بی‌گناهی خود بگردد. اما در این حین، او باید همیشه از چشم دشمنان و مزدورانی که به دنبال دستگیری او هستند، مراقبت کند و تنها شانس بقا و رهایی‌اش از این وضعیت، پیدا کردن راز و راهی برای محافظت از خود در میان این شرایط دشوار است.