سریال طوبی در راستای ترویج اخلاق اسلامی و ارزش‌های انسانی ساخته شده و داستان زندگی نامه پنج دختر نوجوان و معصوم به نام های طوبی، خانواده امام باقر و اعضای دیگر خانواده را روایت می کند. در طول داستان، مسائل مختلفی از جمله راهنمایی های معتبر از شیخ شهید مرتضی مطهری، تحلیل های جالب از احادیث و علوم قرآنی، دعا و ابعاد انسانی با عناصر محاسن و مناسبات اجتماعی در قالب داستان و روایت های سینمایی در طول سریال مطرح می شود.