خلاصه داستان سریال: داستان درباره ی پسر بچه ای به نام «یوگی موتو» هست که با پدربزرگ خود در شهری به اسم «دومینو» زندگی میکند. پدربزرگ یوگی که قبلاً باستان شناس بوده، روزی برای او پازلی حل ناشدنی به عنوان هدیه می آورد. یوگی با حل و تکمیل کردن پازل (که با نام پازلِ ملنیوم شناخته میشود) در میابد که به مدت پنج هزار سال، روحِ فرعونی باستانی (و بسیار شبیه به یوگی با اسم مستعار یامی) در این پازل محبوس بوده است. یوگی درمیابد پنج هزار سال پیش فراعنه ی مصری، با نیروهایی به شدت قدرتمند، دوئل هایی جادویی انجام می دادند که بشریت را تا مرز نابودی پیش برده است تا اینکه فرعونی قدرتمند (یامی) این نیرو ها را محبوس و در اشیایی ملنیومی حبس کرده است. اما اکنون این دوئل ها به نوعی بازگشته اند و خطری جدی بشریت را تهدید میکند. حال یوگی و یامی باید به کمک هم راز گذشته فرعون را کشف کرده و در این راه تمام موانع را کنار بزنند.