«ماداگاسکار» داستان حیواناتی است که در باغ وحش شهر نیویورک زندگی می کنند. آن ها چهار دوست هستند: شیر، گورخر، زرافه و یک اسب آبی، با گم شدن یکی از آن ها بقیه به دنبال او اسیر شده و داخل قفس به آفریقا برگردانده می شوند. در همین حین یک اتفاق در دریا آن ها را به سمت سواحل ماداگاسکار و حیات وحش آن جا می کشاند.