درمان زگیل تناسلی از طریق مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها برای کشتن باکتری‌های عامل است. در صورت اطلاع از ابتلا به زگیل تناسلی، باید به پزشک مراجعه کرده و آزمایشات لازم را انجام دهید. منظور از درمان این بیماری، از طریق مصرف داروهای ضد باکتریایی مانند آزیترومایسین، دوکسی‌سایکلین و سفتریکسون است. همچنین ممکن است پزشک شما با جراحی یا درمان‌های دیگر، مانند لیزر، درمان خود را تکمیل کند. تا زمانی که درمان را به طور کامل پایان نداده‌اید، به طور ممتد ممکن است علایم زگیل تناسلی بازگردند.