ابابیل-۳ هیچ گونه شباهتی به سایر نمونه‌های خانواده پهپادهای ابابیل ندارد. این پهپاد دارای بدنه استوانه‌ای، بال نصب شده در بالا و در انتهای بخش بدنه و دُم H شکل یا دوگانه (Twin Boom) است. طرح بال این پهپاد تا کمی پس از نیمه آن از نوع مستطیلی بوده و از آن به بعد به سمت نوک بال باریک می‌شود. طرح دم H شکل نیز یکی از پراستفاده‌ترین انواع پیکربندی دم در پهپادها است که مزیت‌های سازه‌ای و آیرودینامیکی مناسبی برای پهپادهایی از رده کوچک تا متوسط رو به بالا به همراه دارد.