یکی از مشکلات بزرگ شروع رژیم غذایی کیتو حالتی است که به آن کیتو فلو گفته می‌شود.
این حالت معمولا در اثر اختلالات الکترولیتها و املاح بدن ایجاد می‌شود.
علایم کیتو فلو بسیار متنوع و زیاد هستند مانند ضعف، بیحالی، خستگی، بدن درد و کوفتگی، عدم تمرکز، گاهی تهوع و غیره.
این علایم معمولا در طی یک هفته و یا حداکثر یک ماه یا شش هفته بهبود پیدا می‌کنند.