تشییع جنازه الحاج خیرالله خلیلی در تاریخ 16 آوریل 2005 با حضور گسترده مردم و مسئولان برگزار شد. او یکی از علمای برجسته و محبوب شهر مشهد بود و تاثیر زیادی بر جامعه داشت. مردم به حضور در مراسم تشییع او افتخار می‌کردند و با صدای بلند سلام می‌دهند. وی برای انجام خدمات انسانی و اجتماعی مشهور بود و با درگذشتش، جامعه از یک رهنما و مشاور بزرگ محروم شد.