شهر آغدام در سال ۱۹۹۳ توسط قوای مسلح ارمنستان اشغال گردیده و مسجد جامع آغدام به عنوان یکی از آثار برجسته معماری آذربایجان نیز به یکی از قربانیان تجاوز ارامنه بدل گشته است. مناره‌های مسجد از درون شکافته شده، سقف آن در چند جا فرو ریخته، نقوش و نوشته‌های آن پاک شده است. این مسجد در زمانی که تحت اشغال ارامنه بود به صورتی هدفمند و در راستای تحقیر دینمان به طویله بدل گشته و اخیرا نیز مشخص شده بود که توسط ارامنه به پایگاه نظامی تبدیل شده بود.