ضدعفونی کردن کندو زنبور عسل بسیار مهم است زیرا عسل حاوی باکتری‌ها و قارچ‌های مختلف است که ممکن است برای زنبورها مضر باشند. پس از جمع‌آوری عسل، کندو باید به طور کامل تمیز شده و ضدعفونی شود تا از گسترش بیماری‌ها جلوگیری شود و سلامت زنبورها حفظ شود. این کار به ویژه در فصل‌های گرم و مرطوب مهم است تا زنبورها از عفونت‌ها و بیماری‌های واگیردار محافظت شوند.