بیماری‌ها می‌توانند تاثیر زیادی بر ناباروری مردان داشته باشند. اما بیشترین تاثیر آنها بر عملکرد سیستم تولید اسپرم است. برخی از بیماری‌ها مانند عفونت‌های تناسلی، سندرم متابولیک، دیابت و بیماری‌های انگلی می‌توانند به کاهش کیفیت و تعداد اسپرم منجر شوند. همچنین بیماری‌های تناسلی مانند کلامیدیا و گنوره می‌توانند به تخریب سلول‌های اسپرم و کاهش تولید آنها منجر شوند. درمان زودرس بیماری‌ها می‌تواند به پیشگیری از ناباروری مردان کمک کند.