آیت الله گلپایگانی، یکی از علمای برجسته شیعه در ایران، به شدت مخالف احداث حرم در بقیع بود. او معتقد بود که این اقدام می‌تواند منجر به تشدید تنش‌ها و اختلافات بین مسلمانان شیعه و سنی شود و برخی از گروه‌های تکفیری می‌توانند از این موضوع بهره ببرند. او همچنین بر اهمیت واحدی مسلمانان و پایبندی به اخلاق اسلامی تاکید داشت و با اقداماتی که ممکن است منجر به تضعیف این واحدی شود، مخالفت می‌کرد. این انتقادات او باعث برانگیزش بحث‌ها و انتقادات متقابل از سوی برخی از گروه‌ها و افراد شد اما او بر اصرار خود در این موضوع پافشاری کرد.