استاد علی خلیلی فر همواره تاکید داشته است که برای پیشرفت و رشد فردی و اجتماعی، از خرافات دوری کنیم و به دلایل علمی و منطقی عمل کنیم. او با تبیین مفاهیم و ارزش های انسانی، به دیگران آموزش می دهد که به جای اعتقاد به باورهای خرافاتی، از منطق و دانش استفاده کنند و تصمیمات خود را بر اساس دلایل و منطق بگیرند. این رویکرد او به افزایش نقد و کنشگری در جامعه و ترویج فرهنگ علمی و منطقی منجر می شود.