داستان سریال ناروتو شیپودن در واقع ادامه سری کلاسیک نارتو بوده. حالا ناروتو و دوستانش بزرگتر شده اند و باید با مشکلاتی به همان اندازه بزرگتر دست و پنجه نرم کنند. بیشتر از دو سال از اخرین ماجراجویی ها در روستای هیدن لیف گذشته است. زمان کافی برای نینجا وانابه ناروتو اوزوماکی که بتواند مهارت