قصهٔ سریال «پایتخت ۶» با فوت بابا پنجعلی و اهدای اعضای بدن او آغاز می‌شود.
بهبود فریبا پس از سال‌ها به ایران بازمی‌گردد اما ماجراهایی برایش پیش می‌آید که فهیمه را از شوهرش دلسرد میکند. بهبود در این فصل به بیماری سندرم دست بی‌قرار مبتلا است. بهتاش که در فصل ۵ بیکار و آس و پاس بود، حالا دروازه‌بان باشگاه فوتبال نساجی مازندران شده‌است و به بازیکن فوتبال پیتر چک علاقه دارد و نقی معمولی هم سیاسی شده و راننده و محافظ شخصی نمایندهٔ مجلس است. هما همسر نقی هم گویندهٔ اخبار شده‌است. ارسطو با فردی به اسم کاووس ناخواسته وارد فروش موادمخدر می‌شود و از ماشین نقی که رانندهٔ نمایندهٔ مجلس است، برای جابجایی مواد استفاده میکند.