بیماری‌های خود ایمنی یک گروه از بیماری‌هایی هستند که زمانی اتفاق می‌افتند که سیستم ایمنی بدن به طور نادرست علیه بافت‌ها و اعضا داخلی بدن حمله کند. این بیماری‌ها ممکن است در هر بخشی از بدن اتفاق بیفتند و می‌توانند اعضای مختلف بدن را تحت تأثیر قرار دهند. برخی از مشهورترین بیماری‌های خود ایمنی شامل بیماری لوپوس اریتماتوس، روماتوئید آرتریت، اسکلروز چندگانه و دیابت نوع ۱ هستند.